小儿外科学学科是浙江省医学重点支撑学科、温州医科大学重点建设学科，目前是浙江省医学会小儿外科分会主任委员单位。学科成员还担任了中华医学会小儿外科学分会委员及肿瘤、肛肠等专业组副组长和委员，中国抗癌协会小儿肿瘤专业委员会常委，浙江省抗癌协会小儿肿瘤专业委员会副主任委员；同时也是《中华小儿外科杂志》和《临床小儿外科杂志》编委，及《儿童实体肿瘤诊疗指南》副主编、儿科专业全国统编教材《小儿外科学》编委。温州医科大学党委副书记、附属第一医院院长陈肖鸣教授、现任儿童外科系主任、小儿外科主任李仲荣教授是该学科的带头人。

    小儿外科成立于 1981 年，是我院创始科室之一，当时床位 15 张，专科医师 5 名，现该学科拥为有专科病床 100 余张，并于 2013 年 12 月成立了儿童外科系。 除儿童心胸外科、儿童骨科和儿童神经外科单独设科外，小儿外科又细分为小儿普通外科、小儿泌尿外科、新生儿外科、小儿肿瘤外科和儿外急诊等亚专科，并有配套的儿童ICU、新生儿ICU病房及儿童麻醉专业，临床诊治能力和技术水平有了极大的提高。 该学科现每年完成住院手术约 3500 余例，门诊及日间手术 2000 余例，年门诊量 8 万余人次，是浙南、闽北地区的小儿外科疾病临床诊疗中心。

    学科目前拥有专科医师30余人，其中教授或主任医师 5 人，硕（博）士研究生导师 5 名，副教授或副主任医师 10 名，博士学位 5 人。 该学科承担温州医科大学临床医学儿科专业方向本科生的教学，于2001年起招收硕士研究生，是国家卫生部小儿外科专科医师培训试点基地及浙江省首批小儿外科住院医师规范化培训基地。